איטום מאגר מים הוא בעל חשיבות רבה כיוון שהתשתית נמצאת במגע מתמיד עם כמויות גדולות של מים וישנה היתכנות לנזילה תמידית.

מאגר הממוקם במקום תת קרקעי , נמצא במצב של לחץ מתמיד על התשתית.

דבר העלול לגרום לחדירת מים דרך הרצפה והקירות , ולגרום לרטיבויות ולטחב, להתפתחות עובש ופטריות וריחות רעים.

מאגר הנמצא על גג המבנה יש לאטום מצידו הפנימי ולוודא את תקינותו של המצוף.

איטום לקוי או כשל תכנוני, עלול לגרום התפתחות פטריות, גידול חיידקים ונזק בריאותי .

יש להקפיד על איטום כל פתחי כניסת המים והצנרת וכן את פתחי האוורור.

יש להשתמש בחומרי אטימה המאושרים לשימוש במי שתייה ובעלי אישור ממשרד הבריאות.

מומלץ להשתמש בחומרי איטום גמישים , לא רעילים , בעלי כושר גישור על סדקים, ובעלי הידבקות חזקה.

יש לוודא שהחומרים אטימים למעבר אדי מים ובעלי אטימות מוחלטת ללא חדירות למים.

רצוי ליישם חומרים המכילים חומרים מינרליים ומוספים הידראוליים.

יש לבחון שימוש בחומרים העמידים בפטריות עובש ואצות.

יש להקפיד על ניקוי המאגר  ולחטא אותו פעם בשנה לפי תקן ישראלי לתחזוקת מבנים מס'  1525.2 של מכון התקנים ובהתאם להנחיות משרד הבריאות

מאגרי מים רבים מבטון או פלסטיק אינם מטופלים בצורה שוטפת כראוי , אם שאינם אטומים ומוגנים ואם שחשופים לחדירת מזיקים.

לאיטום וחיטוי  המאגר יש לאטום את פתחי המאגר, כולל צנרת חודרת, להניח רשתות , ולוודא את תקינות המצופים.